目标可饮用水的消毒消灭能引起人类疾病的病原体(主要是细菌)。消毒是大多数城市供水系统在社区使用(经过混凝、沉淀和过滤)之前对地表水供应所采用的最后处理过程。许多病原体在消毒前已经通过这个多级处理过程被清除，使得在消毒中使用的化学药剂非常有效。深井往往没有消毒，因为地下环境，包括含水层的自然过滤发生地下水通过土壤，不利于病原体生存。但是，通过社区管道系统消耗的井水或受地表水渗透影响的浅井应予以消毒。